مفهوم لایه‌ها
لایه‌لایه بودن پروژه‌ها در فتوشاپ مهم‌ترین امکان این نرم‌افزار است. امکانی که به دلیل کاربرد بی‌نظیرش تقلید سایر نرم‌افزارهای گرافیکی از جمله گیمپ (Gimp) را به دنبال داشت. البته این امکان برای اولین بار در نرم‌افزار گرافیکی Macromedia xRes استفاده شد که امروزه اصلاً نامی از این نرم‌افزار باقی نمانده است و آخرین ورژن پایدار آن در سال 1997 منتشر شده. وجود لایه‌ها این امکان را می‌دهد که بتوان به ویرایش بخشی از تصویر بدون آسیب زدن به سایر بخش‌ها پرداخت.
خواندن مقاله‌ی Layers digital image editing در ویکی‌پدیای انگلیسی توصیه می‌شود.
در این پروژه عکس منظره و پرنده در دو لایه‌ی متفاوت قرار دارند. بنابراین امکان جابجایی، تغییر و ویرایش هرکدام به صورت جداگانه و بدون تداخل در لایه‌ی دیگر امکان‌پذیر است. هر عکسی که از یک پروژه‌ی دیگر به پروژه‌ی در حال کار ما drag شود در یک لایه‌ی جدید قرار می‌گیرد.
مدیریت لایه‌ها در فتوشاپ از طریق پنل Layers صورت می‌گیرد. در صورت نبود این پنل از منوی فتوشاپ و گزینه‌ی Window پنل فوق را فراخوانی کنید.
نکته
تمامی پنل‌های فتوشاپ را می‌توان از طریق منوی فتوشاپ و گزینه‌ی Window فراخوانی کرد و پنل‌های باز را با انتخاب مجددشان از منوی آبشاری بست. پنل‌های فراخوانی شده در کنار نام خود در منوی آبشاری یک تیک دارند.
بالاترین لایه در لیست، روی همه‌ی لایه‌ها دیده می‌شود. دومین لایه در لیست زیر لایه‌ی اول و روی لایه‌های باقیمانده و به همین صورت…
تصویر بالا این موضوع را به خوبی نشان می‌دهد. برای جابجا کردن لایه‌ها در لیست می‌توان آن‌ها را به بالا و پایین لیست و در بین لایه‌های دیگر drag نمود.
با کلیک بر روی آیکون ورقه‌ی کاغذ (یکی از هفت آیکون پایین پنل) یک لایه‌ی جدید تشکیل می‌شود و با کلیک بر روی هر لایه، آن لایه به حالت فعال در می‌آید.
باید دقت نمود که در هنگام اعمال تغییرات لایه‌ی درست را انتخاب کرده باشیم.
با دوبار کلیک بر روی نام هر لایه امکان تغییر آن وجود دارد.
با drag کردن یک لایه به آیکون سطل آشغال آن لایه حذف می‌شود. این کار را می‌توان با انتخاب لایه و فشردن کلید delete نیز انجام داد.
برای کپی کردن یک لایه می‌توان آن را به آیکون ورقه‌ی کاغذ drag کرد. نام لایه‌ی جدید در کنار نام قبلی خود عبارت copy را نیز دارد. در صورتی که کپی‌ها بیشتر از یک عدد شوند شماره‌گذاری می‌گردند.
برای اعمال تغییراتی به صورت هماهنگ (برای مثال کوچک و بزرگ کردن چند لایه با هم بدون ادغام آن‌ها) می‌توان لایه‌های موردنظر را گروه‌بندی نمود. با کلیک بر روی آیکون فولدر یک گروه تشکیل می‌شود که می‌توان لایه‌های موردنظر را بر روی آن drag کرد و آن‌ها را زیرمجموعه‌ی گروه ساخت. با کلیک بر روی فلش کنار گروه زیرمجموعه‌ها مخفی می‌شوند.
در کنار هر لایه و یا گروه یک چشم وجود دارد که با کلیک بر روی آن، لایه نامرئی می‌شود. لایه یا گروه نامرئی در هنگام ذخیره‌ی کار دیده نمی‌شود. با کلیک دوباره لایه به حالت مرئی باز می‌گردد.
اگر بخواهیم لایه‌ای قفل شود، یعنی امکان ویرایش و جابجایی و تغییر ناخواسته را نداشته باشد می‌توان این کار را انجام داد و برای این کار ابتدا لایه‌ی موردنظر را انتخاب می‌کنیم و از نوار ابزار بالای لیست لایه‌ها در پنل Layers، آیکون قفل را انتخاب می‌کنیم. امکان قفل کردن «تنها جابجایی لایه» و «تنها ویرایش پیکسلی لایه» نیز با سایر آیکون‌ها امکان‌پذیر است. پس از قفل‌کردن یک لایه در کنار آن لایه یک قفل کوچک نمایش داده می‌شود. برای حذف قفل می‌توان آن را با ماوس بر روی سطل آشغال drag کرد.
در صورتی که در پنجره‌ی ایجاد یک پروژه‌ی جدید در قسمت Background Contents گزینه‌ی White یا Background Color را انتخاب کرده باشیم به طور پیش‌فرض لایه‌ای تحت عنوان Background وجود دارد که زمینه‌ی کار را از حالت خلأ و بی‌رنگی خارج می‌سازد. در صورتی که کار شما نیازی به پس‌زمینه ندارد (برای مثال فرمت PNG) می‌توان این لایه را حذف نمود (یا از همان اول در قسمت Background Contents گزینه‌ی Transparent را انتخاب کرد). برای حذف کردن این لایه باید اول قفل آن را باز کرد که چگونگی این کار گفته شد.
برای ادغام دو لایه‌ی پشت سر هم ابتدا لایه‌ی بالایی را انتخاب کرده و سپس کلیدهای Ctrl+E را فشار می‌دهیم. در صورتی که دو لایه پشت سر هم نبودند می‌توان آن دو را در پنل با کلید Ctrl انتخاب کرد و سپس کلیدهای Ctrl+E را فشرد (در این صورت پیکسل‌های لایه‌ی بالاتر در لایه‌ی ادغام‌شده هم بالاتر هستند).
برای کپی ناحیه‌ی انتخابی به یک لایه‌ی جدید از کلیدهای Ctrl+J استفاده می‌کنیم. فشردن این دو کلید در هنگامی که ناحیه‌ای انتخاب نشده است منجر به کپی شدن کل لایه می‌شود. کاری که با drag کردن لایه به آیکون ورقه‌ی کاغذ نیز امکان‌پذیر است.
نکته
اعمال بالا با Copy/Paste هم قابل انجام هستند.
برای حذف بخشی از یک لایه ابتدا ناحیه‌ی موردنظر را با یکی از ابزارهای انتخاب، انتخاب کرده و سپس کلید Delete را می‌فشاریم. در صورتی که لایه‌ی نامبرده، لایه‌ی Background باشد ناحیه‌ای «حذف» نمی‌گردد و در عوض ناحیه‌ی انتخابی با یک رنگ و یا پترن جایگزین پر می‌شود (و یا مثل ابزار روتوش آن قسمت ترمیم می‌شود). بعد از فشردن کلید Delete در پنجره‌ای که باز می‌شود رنگ جایگزین، پترن یا عمل روتوش پرسیده می‌شود. در منوی Use این پنجره می‌توان رنگ پیش‌زمینه، پس‌زمینه، سفید، خاکستری، سیاه و سایر رنگ‌ها و پترن‌ها (با گزینه‌ی Pattern) و یا عمل روتوش (با گزینه‌ی Content-Aware) را انتخاب نمود.
انتخاب چند لایه به صورت همزمان نیز امکان‌پذیر است. برای این کار کلید Ctrl را فشرده و لایه‌ها را تک‌تک انتخاب می‌کنیم و یا در صورتی که لایه‌ها پشت سر هم هستند می‌توان کلید Shift را گرفته و اولین و آخرین لایه را انتخاب نمود.
برای به انتخاب در آوردن ناحیه‌ای که از لایه‌ی موردنظر اشباع است کلید Ctrl را نگه داشته و بر روی تصویر لایه (کادر مستطیلی در سمت چپ نام لایه در لیست) کلیک می‌کنیم. از این ناحیه‌ی انتخابی می‌توان در سایر لایه‌ها نیز استفاده کرد و محدود به همان لایه نیست.
بررسی عمیق‌تر پنل لایه‌ها
بهتر است در پروژه‌ای که لایه‌های زیادی دارد برای تک‌تک لایه‌ها اسم گذاشته و حتی‌الامکان آن‌ها را گروه‌بندی کنید. چرا که پیدا کردن لایه‌ای خاص در این گونه مواقع بسیار طاقت‌فرسا خواهد بود.
نکته
اسم گذاشتن یک مزیت خیلی خوب دارد. در صورتی که ابزار Move Tool را انتخاب و با استفاده از آن بر روی پروژه راست کلیک کنیم منویی شامل نام تمام لایه‌ها باز می‌شود که امکان انتخاب لایه با استفاده از آن بسیار آسان خواهد بود.
پنل لایه‌ها امکانی دارد که می‌توان با استفاده از آن لایه‌ها را در پنل لایه‌ها رنگی کرد. البته این کار هیچ تغییری در طرح خروجی ایجاد نمی‌کند و فقط برای آسان‌تر پیدا کردن لایه‌های موردنظر انجام می‌شود.
برای این کار بر روی چشم کنار لایه‌ی موردنظر در پنل لایه‌ها راست کلیک کرده و از قسمتی از منو که شامل نام رنگ‌ها است رنگ موردنظر خود را انتخاب می‌کنیم.
در صورت راست کلیک بر روی نام لایه در پنل لایه‌ها باز هم امکان انتخاب رنگ وجود دارد. اما باید آن‌ها را در منوی طولانی‌تری پیدا کرد.
اگر دقت کنید پنل لایه‌ها شامل جستجوگری بسیار حرفه‌ای در بالای خود است که فیلترهای قدرتمندی مثل نوع استایل به کار رفته، اسم و… را در اختیار می‌گذارد. یکی از فیلترهای این جستجوگر رنگ است که با استفاده از آن می‌توان خیلی راحت لایه‌هایی با یک رنگ خاص را پیدا کرد.
نکته
بهتر است برای خودتان قراردادهایی تعریف کنید. برای مثال همیشه لایه‌های خاصی را با رنگ‌های از پیش مشخص شده نشان‌دار کنید.
یکی دیگر از مواردی که به بررسی آن می‌پردازیم جابجا کردن یک لایه در لیست پنل لایه‌ها خواهد بود. همان‌طور که قبلاً هم گفته شده لایه‌های بالاتر در این لیست روی سایر لایه‌ها دیده می‌شوند. اما وقتی که تعداد لایه‌ها خیلی زیاد باشد و بخواهیم لایه‌ای را به بالا و پایین ببریم شاید drag کردن لایه در آن لیست عریض و طویل چندان خوشایند نباشد.
به جای darg کردن می‌توان لایه‌ی موردنظر را با یک کلیک در پنل لایه‌ها انتخاب کرده و سپس از منوی Layer گزینه‌ی Arrange را انتخاب کنیم. زیرمجموعه‌ی باز شده به صورت زیر خواهد بود:
نکته
استفاده از میانبرهای این گزینه‌ها توصیه می‌شود.
نکته
گزینه‌ی Reverse که وظیفه‌ی آن جابجایی موقعیت مکانی لایه‌ها در لیست است تنها در صورتی فعال خواهد شد که دو لایه (و یا بیشتر) را انتخاب کرده باشیم.